درسال 1363 این مجموعه با نام مرکز تحقیقات علوم هوایی و دریایی برای طراحی و ساخت شناورهای زیرسطحی درمحل دانشگاه صنعتی اصفهان ایجاد گردید. در مهرماه سال 1371 با تصویب وزارت علوم‌، تحقیقات و فناوری نام این مرکز به پژوهشکده علوم و تکنولوژی زیردریا تغییر یافت. این پژوهشکده دارای بیش از5000 مترمربع زیربنا و شامل فضاهای پژوهشی، کارگاهی و آزمایشگاهی مجزا می‌باشد. این مرکز دارای گروه‌های پژوهشی برق و ناوبری، سازه - مواد و هیدرودینامیک و امکانات پشتیبانی قابل توجه بوده و با استفاده از کادر تخصصی مجرب خود درامور پژوهش‌های منجربه تولید فناوری‌های پیشرفته و ساخت تجهیزات دریایی و زیردریایی فعالیت می‌نماید.